在不同的法律關系下，貨運代理企業的權利義務也有所不同。從本質上看，貨運代理合同與貨物運輸合同是一種附屬關系，前者依附于后者。為了保障合同中權利的行使與義務的履行，以便責任認定，就必須要厘清貨運代理企業的法律身份，區分其是貨主的代理人或是航空運輸公司的代理人還是締約承運人，與貨主、航空運輸公司的法律關系是航空貨物運輸合同關系還是貨物代理合同關系。

《華沙公約》第十一條指出，如果沒有相反的證據，航空貨運單可以作為訂立合同、接受貨物和承運條件的證明。我國《民用航空法》第一百一十八條也同樣認定，航空貨運單具有作為航空貨物運輸合同訂立、運輸條件確認、承運人接受貨物的初步證據的效力。在航空貨運單上，通常會載明承運人與托運人的姓名，也即航空貨物運輸合同的雙方。據此，要確定貨運代理企業所屬的法律關系，關鍵在于確認貨運代理企業以誰的名義簽發了航空貨運單。如果是以自己的名義簽發了航空貨運單，那么便可以認定貨運代理企業與承運人建立了航空運輸合同關系。反之，如果以托運人的名義簽發了航空貨運單，則可認定貨運代理企業僅作為受托方托運貨物，與承運人建立的只是貨運代理合同關系。

在(2014)穗中法民四終字第87號中鐵物資集團華南有限公司與萬達杰誠國際物流（北京）有限公司貨運代理合同糾紛上訴案中，2011年1月10日，萬達杰誠公司與中鐵物資公司簽訂了《沙特鋼軌伸縮器空運合同》，并約定：甲方指定乙方為其運輸代理商，乙方保證以合理價格和優質服務承運貨物的出口運輸。2011年1月12日，萬達杰誠公司將貨物交付給新加坡貨運航空公司承運，新加坡貨運航空公司簽發《空運單》，發貨人顯示為中鐵物資公司。同年2月，中鐵物資公司收到該批貨物后，主張《沙特鋼軌伸縮器空運合同》是運輸合同關系，并以萬達杰誠公司遲延交貨為由拒絕付款。廣東中級人民法院審理認為，本案中，新加坡貨運航空公司簽發的涉案《空運單》載明發貨人為中鐵物資公司，運輸代理商系萬達杰誠公司?？梢哉J定，中鐵物資公司與新加坡貨運航空公司簽訂的是航空貨物運輸合同，而中鐵物資公司與萬達杰誠公司構成的是貨運代理合同的雙方當事人。

通過對案例的分析，可以看出，要厘清貨運代理企業貨代公司與托運人、航空公司之間的法律關系，首要在于確定貨運代理企業是以自己名義還是以他人的名義簽發的航空貨運單。如果是，雙方則為航空運輸合同關系，若不是，則為貨運代理合同關系。