船舶碰撞案件當中，事故發生地港口的海事主管部門到達現場后，會組織調查程序，程序中包括核實證據、詢問雙方船上工作人員和其他涉案人員。在調查完畢過后，海事主管部門會出具船舶碰撞調查報告，報告中會寫明雙方應當承擔的責任。但與生活中常見的機動車交通事故不同，交警部門所出具的交通事故責任認定書不僅會劃分主次責任，根據當事人性質的不同，主次責任的承擔比例也會不同。而海事主管部門出具的調查報告一般僅說明其責任形式，并不直接劃分責任比例。由此而產生的爭議則需要海事法院進行劃分。

值得一提的是，在船舶碰撞過程當中，造成船舶損害的原因力有多種，人民法院對于船舶碰撞責任劃分可以有自己獨立的判斷，并不僅限于海事主管部門的調查報告。這也是符合《民事訴訟法》及《證據規則》的立法本意的。也就是說，人民法院在審理案件過程中，對調查報告可以不采信，徑行獨立判斷。

在（2017)最高法民再62號中海發展股份有限公司貨輪公司、中國大地財產保險股份有限公司寧波分公司船舶碰撞損害責任糾紛再審民事判決書當中，力鵬公司所屬“力鵬1”輪與中海公司所屬“碧華山”輪發生碰撞，造成“力鵬1”輪船體右傾，之后因艙內集裝箱系固不穩產生傾倒，致使“力鵬1”輪右傾角度增大，拖輪從左側頂推往淺水區坐淺后導致沉沒。海事部門作出調查報告認定“碧華山”輪與“力鵬1”輪對碰撞事故分別承擔事故主次責任。力鵬公司認為“碧華山”輪應承擔80%的責任，中海公司則認為是“力鵬1”輪系固不當造成船舶沉沒，其不應當承擔責任。本案兩審法院作出了不同的判決，一審廈門海事法院認為，碰撞事故本身“碧華山”輪和“力鵬1”應分別承擔60%和40%責任，而就船舶沉沒而言，介入了集裝箱系固不當等因素，不能完全按照調查報告所劃分的責任而確定，故雙方應分別承擔40%和60%責任。二審福建省高院則認為，船舶碰撞和船舶沉沒有因果關系，判決其分別承擔60%和40%責任。本案經過再審，最高人民法院認為，“力鵬1”輪在船舶已經大幅度右傾的情況下，仍未采取相應措施系固所載貨物，對船舶沉沒是具有原因力的，故判決維持一審判決。該案被收錄至最高院指導案例。

海事海商律師總結由此案可以看出，在船舶碰撞當中，責任比例劃分應當按照事實和證據加以分析，并不單純依靠調查報告，同時，人民法院就事故本身和損害結果根據當時狀況，做出了分別的評價。